立志成为出色的神奇宝贝训练师，小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，认识魔术师巴特勒与黛安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…那是在“沉眠之茧”中沉睡了千年，可帮助人…

持续旅行的小智皮卡丘一行，来到了流传着“波导传说”的城镇：欧鲁德朗城。 在城市的中心，举行着对数百年前的“波导之勇者——亚郎”而举行的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为当年“波…

为了调查栖息在冰原地区的神奇宝贝，科学家伦多博士带著儿子小超和助手优子来到极地。突然，从遥远的宇宙飞来的陨石撞击到地表。这时仔细一看，从陨石坑中出现了DNA神奇宝贝「代欧奇希斯」！它拿起一颗里面闪透著绿光的陨石正在端详的时…

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家…

小智一行来到了全新的阿罗拉大陆，迎接小智的是全新的冒险与挑战！究竟这里的精灵和别的地方有什么不一样呢？造成这样的原因又是什么呢？